Conçue en 1627 — neuf ans après son entrée au cloître —, l’œuvre fut entreprise dix ans plus tard sur l’ordre de son confesseur Francisco de la Torre : elle en rédigea la première partie, environ 400 pages, en vingt jours. Bien qu’elle souhaitât en empêcher la diffusion, un exemplaire fut envoyé à Philippe IV, auquel elle écrivit de nombreuses lettres. Par obéissance à un autre confesseur, elle jeta ensuite ce manuscrit, ainsi que ses autres écrits, au feu. Sur un troisième ordre spirituel, en 1655, elle recommença ; le livre fut achevé en 1660 et publié seulement en 1670, cinq ans après sa mort. Son titre complet, très développé, compte près de quatre-vingt-dix mots.

L’ouvrage se présente comme le récit de révélations : l’autrice affirme que Dieu, l’ayant élevée à une contemplation sublime, lui commanda d’écrire et lui dévoila des mystères profonds. Elle explique avoir reçu d’abord six anges, puis huit, pour la guider ; purifiée par eux, elle fut conduite en présence du Seigneur. Elle contempla alors la Vierge telle que décrite dans l’Apocalypse et les différentes étapes de sa vie : à sa naissance, Dieu aurait ordonné aux anges de la transporter dans l’Empyrée, assignant cent esprits de chacun des neuf chœurs pour la servir, douze en forme visible pour l’assister en permanence, et dix-huit des plus éclatants comme ambassadeurs montant et descendant l’échelle de Jacob. Le chapitre XX décrit ce qui serait advenu à la Vierge durant les neuf mois passés dans le sein maternel ; on y lit aussi que, à trois ans, elle balayait la maison avec l’aide des anges. Le chapitre XV contient des détails que certains ont jugé inconvenants.

Quant au style, les avis divergent : pour certains critiques il est élégant et le récit serré ; d'autres, tout en admirant la profondeur des spéculations, le tiennent pour marqué par le mauvais goût de l’époque, pompeux et tendu, et alourdi par la prolixité des applications morales ajoutées à chaque chapitre.

Mística Ciudad de Dios vida de María milagro de su omnipotencia y abismo de la gracia historia divina y vida de la Virgen Madre de Dios, Reina y Señora nuestra, María santísima, restauradora de la culpa de Eva y medianera de la gracia, dictada y manifestada en estos últimos siglos por la misma Señora a su esclava sor María de Jesús abadesa indigna de este convento de la Inmaculada Concepción de la villa de Ágreda para nueva luz del mundo, alegría de la Iglesia Católica y confianza de los mortales, Madrid, Bernardo de Villa-Diego, 1670. 3 vols. en folio. 1: 1 frontis grabado por Villafranca y fechado 1668, 635 págs, 1 retrato, 196 h. II: 1 frontis, 1099 págs. III: 1 frontis, 566 págs, 82h (Tabla e Indice).

Grenier, P. (éd.) Abbrégé et examen des deux premiers tomes du livre intitulé « La mistique cité de Dieu, ou la Divine histoire de la Vie de la sainte Vierge », composée en espagnol par la vénérable abbesse d’Agréda, traduite par ses soins, Perpignan/Bordeaux : R. Brun, 1695.

La Cité mystique de Dieu, Marseille, Thomas Croset trad., Henri Martel, au nom de Jésus, 1695, 3 tomes. Premier tome digitalisé sur archives.org. https://archive.org/details/wotb_6743938/page/n17/mode/2up

Mística ciudad de Dios; vida de María: texto conforme al autógrafo original; Sor María de Jesús de Ágreda, C. Solaguren, Á. Martínez Moñux, L. Villasante (éds), Soria, MM. Concepcionistas de Ágreda, 2009, CXVI, 1509 p.